První miniinvazivní operace v České republice – laparoskopická cholecystektomie, byla provedena v září 1991 v Českých Budějovicích. Následovaly v krátkém sledu další pracoviště po celé tehdejší Československé republice. Postupem doby se škála laparoskopických a torakoskopických operací rychle rozšiřovala a v roce 1999 byla již čtvrtina abdominálních operací v České republice provedena laparoskopicky.
Uskutečnila se první odborná setkání nadšenců této metody (Pícnice u Prahy v roce 1992) a začaly se organizovat pravidelné konference věnované výhradně této problematice. Na tradiční setkání v Benešově u Prahy od roku 2004 navázaly dvoudenní konference v Ostravě a od roku 2015 se na pořádání pravidelného kongresu zaměřeného na miniinvazivní chirurgii střídají v ročních intervalech čeští a slovenští pořadatelé.
Sekce endoskopické a miniinvazivní chirurgie při České chirurgické společnosti J.E. Purkyně byla ustavena z pionýrů laparoskopické chirurgie u nás a zakládající schůze sekce proběhla dne 20. října 1994 v Brně. Předsedové sekce byli postupně: 1994-1999 MUDr. Michal Vraný,1999-2004 doc. MUDr. Stanislav Czudek, CSc, 2004-2010 doc. MUDr. Jan Dostalík CSc. a od roku 2010 MUDr. Lubomír Martínek PhD.
Současným cílem Sekce endoskopické a miniinvazivní chirurgie je podpora rozšiřování moderních miniinvazivních chirurgických technik a nových technologií včetně tréninku mladých chirurgů v České republice. V rámci výboru České chirurgické společnosti při České lékařské společnosti J.E.Purkyně se zástupci sekce podílí na formování předatestačního i postgraduálního vzdělávání. Výbor sekce současně dlouhodobě usiluje o širší zapojení českých chirurgů do mezinárodní spolupráce zejména v rámci EAES (European Association for Endoscopic Surgery).